Notes - objectifs

Maintenir à jour une base de données des publications des publications du LMPA . Grâce au format standard choisi:

on peut l’alimenter de façon presque automatique
on dispos de nombreux outils de traitements : rassemblement, tri, filtre
on dispose de nombreux outils de mise en valeur aux formats html, doc, rtf etc.

Avantages:

maintenir à jour la page «publications» du LMPA
répondre facilement et rapidement aux requêtes institutionnelles (ULCO,, HCERES, etc.)
réutilisation à titre personnel
utiliser un format standard qui peut être ré-exploité sous différents formats.

Schéma actuel¶

Principe: collecte de fichier BibTeX individuel¶

le format BibTeX s’est imposé de façon évidente. De plus, pour ceux qui ne le pratique pas, la majorité des sites de journaux électroniques, de références (MathSciNet ZentrallBlatt etc.) propose la fonctionnalité d’exporter les références d’articles au format BibTeX.

publis lmpa

chacun met à jour son fichier BibTeX /home/users/login/login.bib (fichier initialisé à l’ouverture des comptes informatiques). chacun le fait à son rythme, au fil de l’eau.
les publications sont collectées et traitées ( pybib, bibtex2html, JabRef) quotidiennement

Le résultat de ces traitements :

~~page web des publications du laboratoire~~ (le lien est toujours actif et à jour)
oct. 2017: les publications sont reportés sur chaque «fiche membre» du nouveau site web du laboratoire lmpa.univ-littoral.fr
le fichier bibteX complet complete-bibliography.bib. Tout un chacun peut réutiliser cette collecte.
quelques listes de publications (par type, par année) générées automatiquement et quotidiennement au format rtf: listes. Jabref est également scriptable . À vos propositions pour générer automatiquement d’autres listes dans d’autres formats, styles.
(nouveau 2017): utilisation de JabRef en ligne sur l’intranet

Publications: mode d’emploi¶

Notes

L’essentiel: La SEULE contrainte est que chacun édite son propre fichier.bib (/home/users/votre_login/votre_login.bib) au fil de l’eau. Le plus simple est évidemment de l’éditer directement sur le serveur de fichier piccolo.univ-littoral.fr. cf. manipuler des fichiers sur le serveur

En ce qui concerne les publications du laboratoire, les éléments suivants devraient suffire. Pour une documentation complète sur BibTeX, se référer à www.bibtex.org.

champs obligatoires¶

article: title, author, journal, year, month
Inproceedings: author, title, booktitle, year
PhDThesis: title, author, school, year
book: author, title, year, publisher
techreport (les cahiers du LMPA): title, author, institution, number, month, year

Remarque (2017): Pour les cahiers du LMPA, merci de rajouter le champs facultatif number.

cahiers du LMPA¶

En trois étapes:

connaître le numéro du cahier du LMPA à renseigner¶

Il suffit d’incrémenter (de un !) le dernier numéro des cahiers du LMPA. Celui-ci se trouve désormais (2016) sur la page d’accueil des publications:

www-lmpa.univ-littoral.fr/old/publications/publications.php (sous le lien «Cahiers du LMPA and other Tech. Reports »)

ou encore de façon plus lisible (titre de la page) sur la page d’accueil des cahiers:

www-lmpa.univ-littoral.fr/old/publications/reports.php

ou enfin (sur le nouveau site du labo SPIP):

rechercher le numéro du dernier rapport (a priori de l’année en cours!) sur la page publi

page de garde (optionnelle)¶

si vous voulez ajouter la page de garde des « cahiers du LMPA », les sources LaTeX se trouvent ici

placer le pdf sur le serveur web du labo¶

Cette étape pourrait être optionnelle, mais il est important de garder une trace des preprints du laboratoire.

renommer votre fichier lmpaXXX.pdf (où XXX=le bon numéro)
placer le fichier au choix dans les sous-répertoire /var/www/html/publications/articles ou /var/www/html/publications/articles-non-telechargeables du serveur biwa.univ-littoral.fr selon que vous vouliez ou pas placer votre article en ligne.

note (octobre 2017)

il n’y a pas de confusion «ancien/nouveau» site web dans les répertoires ci-dessus: c’est bien toujours dans ces répertoires qu’il faut placer vos pdf.

Une solution pour le transfert:

scp lmpaXXX.pdf votre_login@biwa.univ-littoral.fr:/var/www/html/publications/articles/

(ou bien:)

scp lmpaXXX.pdf votre_login@biwa.univ-littoral.fr:/var/www/html/publications/articles-non-telechargeables/

autre méthodes: filezilla… Mais remplacer piccolo (serveur de fichier) par biwa (serveur web)

renseigner votre fichier `login.bib`¶

Editer votre fichier personnel votre_login.bib:

    @TechReport{LMPA482,
       TITLE ={ Kernel density and mode estimates for censored associated data },
       AUTHOR ={ Y. Ferrani and E. Ould-Sa\"id and A. Tatchak},
       INSTITUTION ={LMPA},
       NUMBER = {482}
       MONTH = {nov},
       YEAR ={2012},
       pdf = {http://www-lmpa.univ-littoral.fr/publications/articles/lmpa482.pdf}   
    }

le champs pdf est à renseigner bien sûr que si vous voulez mettre votre preprint en ligne.

soit en vous connectant directement sur votre compte (ssh, puis édition avec nano par exemple)
soit avec un aller/retour (par scp ou filezilla) travailler avec le serveur de fichier) et édition du fichier sur votre pc personnel.

syntaxe: quelques exemples de références BibTeX¶

    @TechReport{LMPA482,  
       TITLE ={ Kernel density and mode estimates for censored associated data },
       AUTHOR ={ Y. Ferrani and E. Ould-Sa\"id and A. Tatchak},
       INSTITUTION ={LMPA},
       NUMBER = {482}
       MONTH = {nov},
      YEAR ={2012},
    }

    @article {MRxxxxx,
        AUTHOR = {Nom1, Pr1 AND Nom2, Pr2 AND Nom3, P3},
        TITLE = {New results on   blibli},
       JOURNAL = {Numer. Linear Algebra Appl.},
      FJOURNAL = {Numerical Linear Algebra with Applications},
        VOLUME = {23},
         YEAR = {2007},
        NUMBER = {5},
        PAGES = {122--138},
         ISSN = {1344-3333},
        CODEN = {NLAAEM},
       MRCLASS = {65F10},
      MRNUMBER = {xxxxx (XXxxx2007a:65032)},
    MRREVIEWER = {Paul Hochon},
          DOI = {10.101/nla.214},
          URL = {http://dx.doi.org/10.101/abc.212}
    }

    Remarque: ce deuxième exemple est tiré de MathSciNet, tous les champs en 'MR'
    (MathReviews) sont bien entendus propres à Mathscinet et peuvent être retirés
    (c'est peut-être bien de le faire au moins pour les reviewer?)


    @book{label,
    author = {liste des auteurs},
    title = {titre},
    year = {année},
    publisher= {éditeur}
    }

    @incollection{label,
    author = {liste des auteurs},
    title = {titre},
    year = {année},
    publisher= {éditeur}
    }

    @inbook{label,
    author = {liste des auteurs},
    title = {titre},
    chapter={titre du chapitre},
    year = {année},
    publisher= {éditeur}
    }

    @InProceedings{label,
    author = {auteur1 AND auteur2 AND auteur3},
    title = {titre},
    booktitle = {titre du proceeding de la confÃ©rence},
    year = {année}
    }

    @PHDTHESIS{Jeanlouis:hdr,
      title = {blabla  blibli},
      author = {J.-L. Dupont},
      year = {2011},
      school = {Universit\'e du Littoral C\^ote d'Opale },
      type = {Habilitation {\`a} Diriger des Recherches},
      pdfurl = {http://www-lmpa.univ-littoral.fr/these/hdr-jlouis.pdf},
    }

    @PHDTHESIS{Jeanlouis:phd,
      title = {blabla  blibli},
      author = {J.-L. Dupont},
      year = {2004},
      school = {Universit\'e du Littoral C\^ote d'Opale },
      type = {phd},
      psurl = {http://www-lmpa.univ-littoral.fr/these/these-jlouis.ps},
      topics = {analyse}
    }

pour déterminer le numéro du cahier à saisir, consulter le lien

Articles & journaux¶

le copier/coller est la méthode la plus simple pour ne pas commettre d’erreur. Ce qui suit prend pour exemple MathSciNet:

mathscinet

MathSciNet

Sélectionner ( cf fig 2 )

cocher toutes les publications dont vous voulez le Bibtex (cases à cocher)
sélectionner «Citations(BibteX)» (menu déroulant)
enfin, cliquer sur le lien « retrieve marked » …et c’est fini!

MathSciNet

accélérer le processus

si vous connaissez votre MathReview ID (mrauthid)
si vous ne le connaissez pas, un simple survol (avec la souris) d’un des auteurs (cf fig. 2) vous l’indiquera

À partir de ce moment là, une fois connecté sur la PLM, l’URL suivante vous mènera directement à la liste de vos publications :

http://www.ams.org.ezproxy.math.cnrs.fr/mathscinet/search/mathscinet-getauth?mrauthid=123456&return=bibtex

(remplacer 12345 par votre mrauthid)

FAQ et bugs:¶

Depuis la mise en place en 2012, 90 % des erreurs sont une des trois suivantes:

Les 3 erreurs les plus fréquentes:¶

erreur de syntaxe¶

accolade non fermée
virgule manquante (après l’accolade). Elles sont obligatoires (seule celle du dernier champ d’une référence bibliographique est facultative)

erreur de référence¶

L’ article est accepté pour parution mais la référence n’apparaît encore -par exemple- sur MathSciNet. Le membre du labo ne peut pas se contenter d’un simple copier/coller depuis un site web externe, les coquilles fréquentes sont alors:

Les syntaxes du type @article{ (nulle) ou @article{MR??? (caractères spéciaux) sont interdites
copier/coller d’une reférence similaire du fichier .bib (c’est la bonne méthode!), modification du journal, des auteurs, titre etc. mais omission d’affecter une nouvelle référence. La référence doit être UNIQUE.
même remarque pour les cahiers du LMPA. Merci de faire extrêmement attention au numéro que vous indiquez: en cas de doublon (ou pire), un seul est répertorié.

erreur sur le nom d’auteur¶

absence du séparateur AND entre chaque auteur (erreur souvent commise par simple copier-coller de la ligne \author{auteur1, auteur2 AND auteur3} depuis le fichier LaTeX de l’article)
problème d’identification de l’auteur
un nom marital,
un prénom ou nom composé,
un nom ou prénom avec des caractères spéciaux ou accentués.
- solution 1:
- COPIER/COLLER avec ce qui fonctionne déjà (reprendre exactement la même syntaxe pour votre nom que les articles précédemment saisis dans votre fichier login.bib !
- solution 2:
- demander à ce que les scripts soient modifiés, il est possible d’effectuer quelques ajustements, du type: same_author = "J. Bach and J.-S. Bach"

autres questions & sources de problèmes¶

bien que n’ayant pas mis leur bibliographie à jour, certaines publis étaient néanmoins présentes sur le site web du laboratoire:: L’explication est tout simplement dans ce cas que l’un des co-auteurs du labo a mis la sienne à jour.

Note: il est préférable que chacun tienne à jour sa propre bibliographie

au cas où le collègue parte, supprime la sienne,
au cas où vous voudriez exploiter votre .bib (pour un dossier , votre page perso etc.)

La correction du fichier mon_login.bib n’est pas prise en compte ?

C’est peut-être une conséquence négative du conseil précédent… Si vous avez un (ou plusieurs) co-auteur(s) au labo, s’assurer qu’il fasse la modification sur son fichier: quand il y a plusieurs occurrences du même article, une seule est traitée (et ce n’est malheureusement pas forcément la version corrigée!)

Le fichier mon_login.bib n’ a pas de retour chariot (problème encodage sous Windows)?

solutions:

installer notepad++ (notepad-plus-plus.org/fr/). Cet éditeur gère très bien les fichiers qui viennent du monde UNIX
TexShop ( qui vient avec l’installation de TeXlive) convient également.

HAL archive ouverte¶

HAL: Remplacement ou complément?¶

travaux

L’usage des archives électronique (ArXiV , HAL) par les membres du laboratoire est de plus en plus fréquent.

Hal Archives Ouvertes géré par le CCSD (Centre pour la Communication Scientifique Directe) semble être une alternative (ou un complément) vraiment intéressante. si l’usage devient systématique par tous les membres du laboratoire, de nombreux outils sont proposés pour référencer et regrouper l’ensemble des publication/pré-publication d’un laboratoire.

arguments contre-argument¶

ArXiV est mieux, ce n’est pas franco-français : HAL et ArXiV communiquent et les références de l’un peuvent automatiquement être versées dans l’autre cf. hal.archives-ouvertes.fr/page/transfert-vers-arxiv

Ce n’est pas prudent de publier sur le web un preprint pas encore accepté dans une revue : les dates font foi (une contestation serait possible). D’autre part, même si ce n’est pas l’esprit de l’archive ouverte, chacun a la possibilité de définir un embargo sur l’accessibilité du preprint en ligne (la recommandation est de 6 mois, 2 ans maximum - à vérifier- )

création d’une collection « LMPA-JL »¶

Une « collection » LMPA-JL a été ouverte en avril 2016. L’intérêt d’une « collection » est précisément de valoriser un ensemble de publications (collecte, mise en forme etc.) par le principe du « tampon de collection ». Cette mise en forme peut se faire localement grâce à un service web attenant à HAL ou être exporté par le biais de divers API(à explorer).

Actuellement la configuration est :

un seul gestionnaire de collection (d’autre amateurs, please!)
le mode de tamponnage est automatique
l’url hal.archives-ouvertes.fr/LMPA-JL est la page d’accueil de la collection LMPA-JL. (menus, logos, et widgets ont été édités)

se créer un compte personnel sur HAL¶

Pour affiner la collecte, il convient que chaque membre ouvre un compte sur HAL en suivant la documentation ici et ou cette présentation

ajuster correctement votre forme auteur
assurer la convergence d’identifiant (ArXiv, ResearchId…) si vous en avez un.

documentation HAL¶

la documentation du site HAL est extrêmement bien faite
le blog du CCSD également
le web pullule de présentations effectuées par les membres du CCSD

Annexe A: Jabref¶

logos Jabref est un outil Open Source de management de ressources bibliographique. Sous un Linux il y a des packages tout fait (gestionnaire de packages). Pour les autres OS, télécharger le programme sur www.jabref.org/

Attention

Cette annexe a juste pour objet de présenter les capacités de réorganisation, d’extraction de JabRef, pour traiter les publis du laboratoire au format que l’on souhaite. Cet usage est très très réducteur par rapport à toutes les fonctionnalités de JabReF:

gérer, assembler des fichiers de références au format BibTex mais aussi EndNotes, ISI Web of Sciences …
intégrer automatiquement une sélection de références dans vos documents Office, LateX (via le bouton “push to”)
consulter d’un simple click telle ou telle référence (il faut bien évidemment que la référence ait un champ doi ou url ET être abonné à la revue si elle n’est pas en Open Access)
inversement, il est possible d’enrichir d’un simple click vos fichiers de références bibliographique depuis votre «brouteur» (Firefox …)
…

Jabref permet d’ouvrir les fichiers bib. Cela ressemble à:

JabRef

L’interface permet éventuellement d’éditer, de sélectionner, de trier ( dans le cas de la fig 1 Year ) aussi simplement que vous le faites avec vos mails par. ex avec thunderbird. Si vous désirez extraire tout ou partie dans un autre format, cela peut se faire en 2 clicks (via le menu «Fichier →Exporter»:

Les extensions sont nombreuses (cf fig2) image::jabref1.png[caption=”Figure 2: “, title=”JabRef: formats d’export”, alt=”JabRef”]

quelques exemples valent mieux qu’un long discours:

À partir du fichier www-lmpa.univ-littoral.fr/\~marion/divers/publis-bib/bib-jazz.bib, quelques clicks suffisent à produire les documents suivants:

Annexe B: LateX et bibliographie¶

mise en oeuvre¶

L’intérêt est d’une part, de ne pas s’enquiquiner à intégrer à la main la bibliographie dans chaque document que vous rédigez, à vérifier la concordance des citations etc. et, d’autre part, de ne pas se soucier de la mise en forme: il y a un fichier de style qui fait le travail. Ce dernier au besoin est fourni par l’éditeur de la revue dans laquelle vous écrivez. Si en plus, vous êtes amenés à citer régulièrement des incontournables dans votre domaine (dont vous connaissez les références par coeur) , alors c’est très simple: il vous suffit de les citer en fermant les yeux dans votre source LaTeX ( \cite{machin85} \cite{truc} ). Ensuite, Il suffit simplement d’insérer les deux lignes suivantes dans votre source :

    \bibliography{votre_fichier.bib}{}
    \bibliographystyle{plain}        % plain ou unsrt ou  abbrv ou  alpha ou autres styles

avant le:

    \end{document}

La compilation¶

L’idéal est bien sûr de placer -une fois pour toute – les variables) $BSTINPUTS $TEXINPUTS de votre environnement LaTeX (et évidemment de mettre votre fichier.bib dans le répertoire qui correspond à $BIBINPUTS!). À défaut, placer ce dernier dans le même répertoire l’article que vous rédigez. La compilation se fait en trois temps:

 pdflatex jazz-latex.tex   
 bibtex jazz-latex.aux     
 pdflatex jazz-latex.tex

génère le fichier jazz-latex.aux qui contient les \cite à traiter

génère les fichiers jazz-latex.bbl (la bibliographie) et jazz-latex.blg (log)

insère la bibliographie (jazz-latex.bbl) dans le fichier final jazz-latex.pdf à l’endroit du fichier jazz-latex.tex où la commande \bibliography{votre_fichier.bib} a été placée

Le fichier pdf obtenu est: www-lmpa.univ-littoral.fr/\~marion/divers/publis-bib/jazz-latex.pdf

Usage d’un logiciel spécifique (TexStudio Winedt LyX, etc.): click click click, votre interface graphique a probablement un bouton qui fait tout! Faite l’essai avec les fichiers exemples: